AppleはTechnote 1116（日本語版はこちら）で聞き捨てならない制限事項を発表しました。"PowerBook HD Upgrades and SCSI disk mode Compatibility"と題された内容で、2400に関係するトラブルは、"ATA Hard Drives Greater Than 4 Gigabytes"にまとめられています。
要約すると「G3以前の機種では、SCSI diskモード時にoffsetを32bitまでしか見ない。だから4GB以上のドライブを使用しているマシンでSCSI diskモードを使用すると、4GBを越えた辺りで折り返しが発生し、間違った場所を読み書きすることになる。データ、壊れるよ。」ってな感じです。
この「4GB以上」(greater than 4GB)という表現について、PowerBook専用mailing list"PeeBee"で4GBならいいのか、と話題になりました。32bitのoffsetが原因ですから、offsetが4,294,967,296を越えるとダメなはずです。実際に販売されているHDDは大抵1GB=1,000MBで計算されていますから、厳密に数値を比較するのはGBだけ見ていたのではダメです。清水様＠東京医大病院のご報告。「IBM-DTCA-24090(4GB)は正確な容量は 3.82GB = 4,099,866,624byte です．SCSI mode であまり使ったことはないのですが，今のところデータの破壊は経験しておりません．」とのことですが、同じ組み合わせでデータが破壊された（原因は推定ですが）経験のある方もいらっしゃるようです。
Appleは「原因はROMにある」と明記しております。そのため、「ドライバをサードパーティ製に変更しても、パーティションを切っても解決されない」問題です。また、「問題がROMにあるために解決出来ない」問題でもあるようです。
Appleは「SCSI diskモードで使用する可能性があるのなら4GB以上のハードディスクを増設しない。（ただしSCSIハードディスクは問題ない）」「4GB以上のハードディスクを増設するのであれば、SCSI diskモードで使用しない」ことを強く勧めています。